صندوق‌های سرمایه‌گذاری مبتنی بر کالا از جمله طلا و سکه، اگرچه ابزار کم‌ریسکی برای سرمایه‌گذاران محتاط به نظر می‌رسند، با ریسک‌های خاص خود همراه هستند.
ریسک فاصله قیمتی (بین ارزش صندوق و NAV)، تمرکز دارایی‌ها و نوسانات ناشی از سیاست‌ها و مقررات داخلی، بخشی از این چالش‌ها هستند. با این حال کیفیت مدیریت صندوق و توانایی مدیران در بازارگردانی، نقشی کلیدی در کنترل این ریسک‌ها ایفا می‌کند، به‌ویژه وقتی حجم صندوق‌ها افزایش پیدا می کند.
علاوه بر این، خطاهای فناورانه و محدودیت زمان معاملاتی برخی ابزارها نیز می‌توانند اثرگذار باشند. در مجموع، شفافیت، نظارت دقیق و بهبود فرآیندهای معاملاتی می‌تواند هم سرمایه‌گذاران را محافظت کند و هم رشد این بازار را تسهیل کند.
